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財政部臺灣省中區國稅局表示，99年11月8日配合產業創新條例發布之公司研究發展支出適用投資抵減辦法，經施行一年後，考量公司研究發展支出專案認定及研究發展活動審查認定採分階段申請及審核之程序繁雜，基於簡政便民及降低公司行政作業成本，爰於100年12月27日由財經二部會銜發布修正公司研究發展支出適用投資抵減辦法。
依修正後之申請程序，公司100年度研究發展支出專案認定與研究發展活動審查認定之申請期限，均為辦理當年度營利事業所得稅結算申報期間開始前3個月起至申報期間截止日內；並規定公司應將研究發展支出專案認定與研究發展活動審查認定，併案提出申請。
該局舉例說明，以屬曆年制公司為例，甲公司於100年度購置專用技術從事具高度創新之研究發展活動，並與乙公司共同研發於100年度首次分攤支出，則其應於101年2月1日至同年5月31日期間內，向所屬產業之中央目的事業主管機關提出研究發展計畫申請認定是否具有高度創新及符合研發活動之樣態等事實，同時應併案提出申請專用技術及共同研發支出之專案認定，倘公司未能於規定期限內送請中央目的事業主管機關審查認定，將喪失其適用研發支出投資抵減之權益。
該局進一步提醒，因研發支出適用投資抵減核認係採行政機關專業分工審查機制，公司除須於研究發展支出適用投資抵減辦法規定期限內向各中央目的事業主管機關申請研究發展活動之審查認定及研發支出專案認定外，同時應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時，填報營利事業所得稅結算申報書租減附冊，並檢附研發相關資料，送請公司所在地稅捐稽徵機關核定抵減稅額，始完成研究發展支出適用投資抵減之申請。該局再次籲請公司務必掌握時效，以確保公司權益。
資料來源：中區國稅局
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